Tình trạng mặt sân được sử dụng cho nội dung bóng rổ 5x5 đã bị chỉ trích bởi huấn luyện viên trưởng tuyển bóng rổ nam Philipppines, Chot Reyes. Một số bức ảnh cận cảnh được chụp cho thấy sàn thi đấu đã được phủ lên trên một lớp sàn gỗ với nhiều nếp uốn, và dường như được làm từ vải sơn hoặc nhựa vinyl, những chất liệu chủ yếu được sử dụng trong nội trợ.[48][49] Vì mặt sân này mà một vận động viên Campuchia đã gặp chấn thương trong trận đấu với Singapore ngày 9 tháng 5[50].

Tại lễ trao huy chương nội dung đi bộ cự ly 20 km, do khu vực trao giải tại Siem Reap không có hệ thống đèn chiếu sáng nên ban tổ chức đã phải sử dụng đèn pha ô tô để thay thế.[51][52] Điều này xuất phát từ việc lịch thi đấu nội dung này được ấn định vào buổi chiều thay vì buổi sáng như thường lệ, khiến các vận động viên phải nhận huy chương ngay trong buổi tối[53].

Ở làng vận động viên, phòng của đội tuyển cầu lông nữ Indonesia gặp sự cố dột nước sau một trận mưa lớn. Hiện tượng này cũng xảy ra ở một số phòng của các vận động viên Indonesia khác trong làng vận động viên ở Campuchia. Các phòng bị thấm dột ngay lập tức được ban chỉ đạo phối hợp xử lý.[54]